C'est lie a de la distorsion.
C'est pour cela que je te demandais si a l'oreille tu entendais une harmonique en plus de la fondamentale pendant le sweep.
En image ca donne ca:

La trace la plus forte correspond a la fondamentale du sweep. On voit des traces secondaires qui correspondent dans ce cas a de la distorsion.
C'est a dire qu'a chaque instant, en plus de recuperer du signal pour la fondamentale on recupere des harmoniques, qui sont normalement excites apres pendant le sweep. C'est pour cela qu'ils apparaissent a gauche du pic principal sur l'impulsion.
Sans mesures 100% ok, il ne faut pas chercher a corriger

Tu devrais peut etre essayer de connecter ton ampli en analogique plutot que de passer par le DAC USB.
En fait idealement il ne faut pas separer lecture et enregistrement sur deux cartes differentes, une petite carte son USB avec entree micro et alim fantome simplifie le setup AMHA. Cela dit ce n'est peut etre pas le probleme ici.