Salut !
Normalement, la philosophie iTunes, c'est :
Soit tu synchronises tout (rien à cocher), c'est ce que je fais pour ma musique.
Soit tu synchronises ta sélection (là, il faut cocher ce que tu veux mettre dans l'iPhone), c'est ce que je fais pour mes vidéos.
Tu peux bien entendu supprimer des morceaux (j'ai bien dit des morceaux) de ton iPhone, mais ils seront automatiquement réinjectés à la synchronisation suivante (enfin je crois, à moins qu'ils se décochent automatiquement d'iTunes lors qu'on rebranche l'iPhone).
En gros, le maitre, c'est le Mac
Tu supprimes du Mac, le Mac supprimera automatiquement de l'iPhone à la synchronisation.
Mais supprimer de l'iPhone ne supprimera pas du Mac (au pire, il décochera les morceau de la sélection).