Le 11 novembre 2012, Chalghoumi se rend en Israël accompagné d'une délégation de douze imams français. Cette démarche, à l'initiative de l'ambassade d’Israël, reçoit le soutien du ministère français des Affaires étrangères (le quai d'Orsay). Ce voyage qui est intégralement financé par l'ambassade d’Israël en France permet à la délégation de se recueillir au mémorial de Yad Vashem et sur les tombes des victimes de Mohamed Merah, assassinées le 19 mars à l’école juive d’Ozar Hatorah à Toulouse et enterrées en Israël. « Malheureusement, côté israélien, beaucoup pensent que les musulmans de France détestent les juifs, qu'il y a de l'antisémitisme. Notre voyage prouve que ça n'a rien à voir avec l'islam » et qu'il s'agit « d'actes isolés », a alors insisté Hassen Chalghoumi.
En juin 2019, après une nouvelle visite en Israël où il a dénoncé le boycott anti-Israël et une rencontre avec le président Reuven Rivlin, il est l'objet de menaces de mort à son retour en France.
Impardonnable, n'est-ce pas ?